ADVERTÈNCIA: L'article següent conté spoilers per a Dies desapareguts .
Després d’aproximadament 40 hores de joc per completar la història principal, molts jugadors deixaran de banda els seus controladors Dies desapareguts per bé . Un altre iniciarà un fitxer de desat completament nou. Tanmateix, aquells que continuïn jugant després del llançament dels crèdits seran recompensats amb un final secret, que té enormes ramificacions.
Un cop finalitzada la missió final i destruïda l'illa dels mags, el mapa del món obert del joc encara està disponible per recórrer. A partir d’aquí, els jugadors poden acabar els objectius secundaris restants, com ara Freaker Hordes o els llocs de recerca NERO. Al cap d’una estona, el jugador rebrà un missatge de ràdio de l’investigador de NERO, James O'Brian, que li demanarà que el conegui.
Quan el protagonista Deacon St. John es troba amb O'Brian al vell cementiri, les coses es tornen desconcertants. Al pròleg, el jugador coneix a O'Brian, que porta un vestit de cos complet i un casc amb pantalla transparent. Aquí, la seva cara és visible. Tot i això, durant la resta del joc, la màscara d’O’Brian està tenyida, de manera que Deek no pot veure la seva cara.
La raó d'això només es revela a l'escena final del secret: O'Brian està infectat. Finalment es treu la màscara per revelar un rostre vascular trist i provocant que Deacon retrocedeixi. O'Brian explica que el virus que va crear els Freakers evoluciona ràpidament i ara es troba en una etapa en què pot envair el sistema limfàtic (que ajuda a protegir el cos de malalties i infeccions) de persones no infectades. També revela que els més alts de NERO en saben durant un temps i adverteix a Deacon que vindran. O'Brian se'n va, llançant-se a un helicòpter aeri amb força i agilitat inhumana.
Aquesta escena transmet que aquesta nova soca del virus crea una forma completament nova de Freaker, que manté les funcions cognitives d’un ésser humà, però que posseeix la força, la velocitat i l’agressió de les criatures que lluita Deacon durant tot el temps. Dies desapareguts . De fet, en diversos punts d’aquesta escena, el cos d’O’Brian produeix sacsejades aparentment involuntàries i fins i tot fa diversos passos cap a Deek abans de demanar perdó. Tot i que mai no s’explica mai explícitament, sembla que O'Brian resisteix l’afany biològic d’atac provocat pel virus.
Clarament, aquesta escena tenia la intenció de deixar la porta oberta a un Dies desapareguts seqüela, cosa que ara sembla que no passarà mai. En lloc del final optimista de Deek a la tarda amb Sarah, aquest gir va acabar el joc amb una nota més fosca i més amenaçadora. La nova forma de Freaker introduïda a través d'O'Brian hauria convertit en un formidable enemic en un segon joc, que segurament hauria seguit els esforços de Deacon per descobrir la veritat sobre el vincle de NERO amb el virus.
Val la pena assenyalar-ho, tot i que NERO apareix de manera destacada Dies desapareguts , Deacon no lluita mai contra ells. En les missions en què apareixen, Deek només pot colar-se al voltant dels soldats i investigadors, ja que el joc deixa clar que els seus vestits estan massa fortificats perquè pugui tallar-los o disparar-los. Una seqüela probablement hauria convertit a NERO en l’antagonista principal, amb Deacon i companyia que els haurien d’enfrontar frontalment. Tanmateix, tal com estan les coses, aquesta és una història que encara no s’explica.
