L'ordre 66 va ser l'ordre més infame que es va donar Guerra de les galàxies història, assenyalant el final de la República Galàctica i començant el gairebé col·lapse de l’Orde Jedi. Mentre els soldats clons es van veure obligats a obeir l’ordre 66 a causa dels biochips implantats en el cànon, el Karen Traviss Llegendes sèrie Comando de la República fa un retrat molt més fosc de la seva execució.
El Comando de la República la sèrie representa l'Ordre 66 com a un comandament que s'ensenyava a tots els soldats clons, en lloc d'un que se'ls obligava a obeir. A primera vista, l’Orde semblava perfectament raonable, ja que originalment va ser creada per Sifo-Dyas com una manera d’abatre als Jedi canalla que anaven contra la República. Aquesta ordre també se situava per sobre de l’ordre 65, que tenia com a objectiu suprimir el canceller suprem si sorgís un problema similar.
En Republic Commando: True Colors, L'ordre 66 es descriu com a tal: 'En cas que els oficials Jedi actuessin en contra dels interessos de la República i després de rebre ordres específiques verificades que provenien directament del comandant suprem (canceller), els comandants del GAR eliminaran aquests oficials per força letal, i el comandament del GAR tornarà al comandant suprem (canceller) fins que s'estableixi una nova estructura de comandament. '
Traviss descriu la brutal realitat de les Guerres Clons, que va crear molta tensió entre ells Soldats clons i els seus comandants Jedi. Essencialment criat com a soldats esclaus de la República, la vida d’un soldat clon era bàsicament equivalent a la d’un droide. El seu procés d’envelliment accelerat va assegurar que els soldats clons mai no assolissin una vida satisfactòria més enllà de la batalla, tot i que els clons eren biològicament idèntics als humans i eren capaços de reproduir-se biològicament. Els clons també eren capaços d’oferir un ventall complet d’emocions humanes, que van crear turbulències interiors pel que fa a la seva breu existència.
Molts soldats clons també es van cansar quan la guerra arrossegava, ja que es veien obligats a veure com els seus germans caien en la batalla. Comando de la República: Ordre 66 detalla les frustracions internes de Delta Squad Commando Scorch cap a aquesta pèrdua de vides, mentre escolta els noms de milers de soldats clons caiguts. Ara, Scorch no podia anomenar la meitat de les plantilles del seu lot al centre d'entrenament de Tipoca, i molt menys els homes que hi havia. Es sentia avergonyit, com si els hagués traït ”, diu el fragment. Mentre la guerra s’allargava, molts soldats clons van començar a ressentir-se dels Jedi per aquestes baixes, fins i tot posant en dubte la seva competència.
Les actituds dels Jedi envers els soldats clons no van ser millors, ja que simplement els veien com a desechables. Van ser especialment indiferents als comandos de Clone, que consideraven caçadors de recompenses sancionats per l'Estat per a la República. Malgrat la seva indiferència cap a aquests esquadrons, els Jedi van comprendre la seva necessitat a la guerra. 'Aquest és el problema de tenir clons intel·ligents entrenats per un sac de drap de matons indisciplinats: han resultat idiosincràtics i, en el pitjor dels casos, desobedients. Però probablement guanyaran la guerra per nosaltres. Tolereu-los ', explicava a Arligan Zey, mestre Jedi i director del general de forces especials Comando de la República: Triple Zero .
Com a resultat d’aquest descontentament compartit, no va ser difícil per a molts soldats clons girar les seves armes cap als seus antics comandants, però es van mantenir alguns valors extrems notables. Ion Team, dirigit pel capità Climber, no només va desobeir l'ordre, sinó que va girar les armes contra les forces del comandant Salvo que van intentar emboscar un grup de Jedi. Altres esquadrons clons, com Omega Squad, Delta Squad i Ordo Skirata, també van desobeir l'ordre, però van fingir el compliment per evitar sospites de l'Imperi. Tot i que els clons d’aquests darrers esquadrons mantenien tènues relacions amb els Jedi, eren molt més escèptics respecte a Palpatine que revelava nous clons Centax que envellien normalment.
Mentre el cànon elimina la culpabilitat dels clons en l’execució de l’ordre 66, Llegendes confronta la seva traïció de cara. Aquesta representació matisada de l’ordre 66 és més fosca que el cànon, però Comando de la República proporciona profunditat a la seva execució humanitzant els seus autors del clon i el seu patiment.
