Durant els darrers dies de la República, el Guerra de les galàxies l'univers va rebre un cop massiu al costat lleuger de la Força. En un comandament ràpid, l'Emperador Palpatine va activar l'Ordre 66. El protocol es va implantar mitjançant xip a tots els soldats de l'exèrcit clon i, un cop activat, va obligar els soldats a executar tots els Jedi als seus voltants. La Gran Purga Jedi va posar a la pau un gran nombre de Jedi i, amb les seves morts, va acabar amb les missions i misteris que encara quedaven per completar.
De tots els Jedi que van caure aquell fatídic dia, cap semblava tan brutal com la mort d'Aayla Secura al vibrant planeta de Felucia. Episodi III de Star Wars: La venjança dels Sith mostra a la jove Twi'lek sent abatuda pel seu batalló clon. Malauradament, quan va caure, es va distreure amb un ocell i no va poder reaccionar. Tanmateix, el tret perdura uns segons més i mostra que els clons continuen disparant sobre el seu cos inert. Moltes preguntes han sorgit de la seva terrible desaparició mentre els fans intenten esbrinar per què els clons semblaven de sang freda cap a ella.
Igual que el seu mestre, Quinlan Vos, Secura va escollir caminar pel seu propi camí mentre feia cas a l’Orde Jedi. Això es va demostrar en la seva elecció de roba i en la forma en què va usar el seu sabre de llum amb una empunyadura inversa. Secura es va preocupar profundament del seu amo, que era únicament fort a la força. Molts teòrics creuen que també era immensament poderosa a la força. Si aquest fos el cas, la raó per la qual els clons l’afusellaren podria haver estat assegurar-se que no s’aixecaria per causar danys massius amb les seves capacitats.
La majoria de les aventures de Secura no la mostren utilitzant cap força immensa a la Força durant les Guerres Clon. Tot i això, és del tot possible que les seves habilitats encara no s’hagin manifestat del tot. Com a alternativa, la seva força es podria haver canalitzat a través de la seva capacitat de combat que utilitzava el combat de sabre làser Forma IV i Forma V, i incloïa una gran quantitat d'acrobàcies i moviments ofensius a gran velocitat.
Una altra teoria que es va presentar va estar molt relacionada amb la relació de Secura amb el seu batalló clon. A causa dels molts anys que van passar els Jedi amb els seus soldats clons, es van formar molts vincles entre els dos grups. Alguns dels millors exemples són el capità Rex i Ahsoka Tano o el comandant Cody i Obi-Wan Kenobi. Amb aquesta lògica, és possible que els clons continuessin disparant contra Secura perquè recordaven la història que compartien amb ella i volien assegurar-se que la seva mort fos ràpida i indolora. Si fos cert, això convertiria el seu acte final com a soldats clon en un dels més misericordiosos de la Purga.
Aayla Secura era una de les Jedi més compassives de l’ordre. A causa d'això, el seu final violent ha estat considerat un dels més brutals de la Gran Purga Jedi. La mort de Secura també representa la ràpida i quirúrgica devastació que l'Emperador s'havia proposat aconseguir. Es necessita molt per matar un Jedi, i fins i tot Anakin Skywalker L’amenaça fantasma no creia que fos possible derrotar-los a tots. Tanmateix, l'Emperador va demostrar que estava equivocat en acabar amb gairebé tots d'ells d'un cop.
La mort de gairebé tots els Jedi va arribar amb rapidesa i violència. Durant l’esdeveniment, alguns dels darrers sentiments que els usuaris de la força supervivents van sentir van ser traïció i dolor. Fins i tot la mort de Secura va arribar a Yoda, que en aquell moment es trobava en un planeta completament diferent. La raó exacta per la qual els clons van disparar tantes vegades sobre Secura continua sent un misteri. No obstant això, aquest misteri ha permès als fans reunir-se, una vegada més, per especular sobre molts altres misteris de l'univers de Star Wars.
