Abans de trobar l'èxit principal a l'univers cinematogràfic de Marvel, Iron Man era un personatge molt més nínxol. Aquesta popularitat fora dels còmics va ser igualada pel seu estatus més especialitzat en els còmics, amb el personatge, tot i la seva condició de multimilionari, en el millor dels casos com a personatge de la llista B. Aquest estat va ser radicalment canviat, igual que l’univers Marvel, en general, per l’esdeveniment del 2005 House of M.
Aquesta alteració de la història del món tenia els mutants com a força dominant a la Terra, amb l'opressió interspècie aquesta vegada cap als humans. Una de les ments més grans de la humanitat encara era Tony Stark, però Casa de M va canviar molt la seva relació amb la seva armadura, el seu pare i el món en general.
Tal com s’estableix a Brian Michael Bendis i el principal d’Olivier Coipel Casa de M sèrie, l'esdeveniment va reconfigurar l'univers perquè els humans fossin una espècie oprimida públicament que servís als capricis dels mutants. Això es va produir quan una Bruixa Escarlata, desconcertada, va activar els seus poders que alteraven la realitat a una escala més àmplia que mai, reescrivint el món en el procés. En aquesta nova continuïtat, Tony Stark era potser la ment més brillant de la humanitat, però encara era només un home. Encara era increïblement ric, tot i que les seves creacions encara eren supervisades per mutants governants com la família homònima de Magneto House of M.
A diferència de l'univers principal, Howard, el pare de Tony, encara era viu, tot i que es va retirar de la direcció del seu negoci familiar. Rebre responsabilitats empresarials molt més tard a la vida i no haver tingut mai la tragèdia de perdre el seu pare va fer que el Tony d’aquest univers fos molt més mimat i desproveït. Fins i tot Howard ho nota, amb aquesta versió de l'alcoholisme de Tony causada per les constants denúncies del seu pare.
Com es detalla a Greg Pak i Pat Lee Iron Man: Casa de M , Tony i Howard són els dos protagonistes de la sèrie de televisió Sapien Death Match , que els enfronta en un combat de gladiadors mentre pilotava gegantins vestits de batalla mecànics. La vestimenta de Tony és una armadura daurada, que s’assembla a l’armadura Iron Man Mark I i Mark II de l’univers 616. A l’espectacle s’uneixen Johnny Storm, el vestit del qual pot emetre enormes explosions de foc i maquetes dels robots Sentinel. En aquest univers, els Sentinels han estat remodelats per caçar i atacar humans, sent qualsevol acció cap als models 'oficials' un fet punible.
Entre bastidors, Tony crea una armadura de Iron Man per al seu propi ús personal. Repartida en el clàssic esquema de colors vermell i daurat, aquesta armadura comercialitza les tradicionals bigues de mà del repulsor o els canons muntats al braç. Això, juntament amb el seu disseny més voluminós, fa que vagi s’assembli a la versió de la generació 1 de Megatron. Detenint una flota de sentinelles per matar humans innocents, Iron Man es converteix en un símbol de la resistència humana i un terrorista als ulls dels senyors mutants del món.
Treballar per a Tony Stark en aquest món és Hank Pym, que, com Tony, encara és un ésser humà. La investigació de Pym el porta a poder aïllar i traçar el genoma mutant, amb les perilloses implicacions d’aquest descobriment que el fan potencialment il·legal. Després de ser gairebé acomiadat per Tony i Howard, Pym desapareix i, quan l’acabat doblat Iron Man el rastreja, s’adona del perillós que podria ser el descobriment de Pym. Pym havia creat diverses bombes que afectaven a les persones properes amb el gen X, obligant-les a produir-se la fusió genètica cada vegada que s'activaven les bombes.
Després d’haver interceptat les bombes i aturar el seu pare i diversos avions no tripulats, Iron Man es va consolidar com un potencial salvador per a l’Homo Sapiens. Howard va revelar a Tony que el seu veritable propòsit era dirigir sempre la humanitat en una lluita contra els mutants. Magneto va aparèixer durant el ruckus i va matar a Howard Stark, però Iron Man encara es va negar a matar el sobirà mutant. Aquest estatus com a figura principal dels personatges de Marvel que no estan relacionats amb X-Men es reflectiria més endavant amb el lloc d’Iron Man a la MCU, i ara, més que mai, és la cara d’herois sense motor de l’Univers Marvel en general.
